Az immunrendszer betegségei alapvetően a következő három tényező valamelyikére vezethető vissza: éretlenség, genetikai hiba vagy másodlagos ártalom. Az immunrendszer, bár fizikailag nem egységes és konkrétan megtapasztalható szerv, mint a szívünk vagy tüdőnk, hanem bizonyos alkotóelemek és funkciók összehangolt, komplex rendszereként értelmezhető.

Nagyon lényeges, életfontosságú feladatokat lát el szervezetünkön belül. Az immunrendszer látja el

a szervezet külső, mikroszkopikus támadók (baktériumok, vírusok, gombák, élősködők) elleni védekező funkcióját.

Az immunrendszer a fehérvérsejtek, a vérben keringő fehérjék illetve a közvetítő v. hírvivő anyagok együttes, összehangolt működését végzi.

Az immunrendszernek ezen kívül kiemelkedő szerepe van a daganatos megbetegedések elleni védekezésben is.

Az immunrendszer éretlensége: a kisgyermekkorra jellemző természetes jelenség, a betegségek elleni immunitás hiányát vagy nagyon alacsony mértékét jelenti.  Főként a csecsemőknél és kisbabáknál jellemző, illetve abban az átmeneti időszakban, amikor a gyerek első alkalommal közösségbe, társak közé kerül. Ezekben az időszakokban tehát nem kell aggódnunk, ha csecsemőnk/gyerekünk gyakrabban esik át különböző enyhébb betegségeken. Az immunitás normális esetben 12 éves korig fejlődik ki teljesen.

A veleszületett immundefektus: genetikai hajlamra vezethető vissza, sajnos nagyon súlyos esetei is ismertek. Ilyen többek között a súlyos kombinált immundefektus vagy SCID , amely igen ritka. Csontvelő-átültetéssel gyógyítható, de gyakori esetben a 2 éves korig halálos kimenetelű betegség.

A szelektív lgA hiány: az lgA nevű védekező-fehérje hiánya. Lehet tünetmentes vagy gyakori húgyúti, légúti, gyomor-bélrendszeri panaszokat okoz, antibiotikumokkal jól kezelhető, de a felmerülő allergiás vagy autoimmun kísérő betegségek miatt rendszeres kontrollra szorul.

A variábilis immun deficiencia, a jellegzetes felállásokban létrejövő immunhiányok. Bizonyos kísérő betegségekkel járnak együtt, mint pl. bőr v idegrendszeri tünetek.

A másodlagos immunhiány: leggyakrabban általános állapotleromlás következtében (súlyos alultápláltság, vitamin és nyomelem hiány, súlyos akut, krónikus betegségek, műtétek miatt) alakul ki. Ide tartozik az AIDS, más néven a HIV vírus általi fertőzöttség, mivel a HIV vírus képes kötődni a CD4+ T limfocitához, átírva annak DNS-ét. Ennek következtében az immunrendszer gyakorlatilag képtelen ellátni feladatát, szabad utat engedve ezzel a fertőzéseknek.